Die Ochtum diente häufig bei Überschwemmungen der Marsch zum Abfluss des Weserwassers. Zeitweise wurden solche Überschwemmungen ja bewusst ausgelöst („Melioration“), und der Abfluss über die Ochtum wurde durch Schleusen bzw. Wehre reguliert.
Wenn die Weser über die Ufer trat, konnte die Ochtum das Wasser oft nicht aufnehmen, und auch ihre meist schwachen Deiche brachen. Zusätzlich verhinderte das Hochwasser in der Unterweser, also bei der Mündung der Ochtum in die Weser, den raschen Abfluss des Ochtum-Wassers.
Aber die Ochtum trat auch selber häufig über die Ufer. 1796 wird die Ochtumniederung wie folgt beschrieben: „Zwischen dem Bunten Thore vor Bremen und der Weser geht ein schwacher Deich ganz am linken Ufer der Weser hinauf bis an den Ausfluß der Eeter bey Essel. Zwischen der Haupt-Communication von Brinckum und besagtem Deiche wird beym kleinsten Anwachs der Ochte das ganze niedrige Terrain zwischen Arsten und Dreye bis vor Ahausen innondirt“ 10
Oft wurden diese Überschwemmungen durch Sturmfluten der Nordsee ausgelöst, wobei die Flut das Wasser in die Weser und weiter in die Ochtum drückte. Dabei drang die Flutwelle bei größeren Sturmfluten bis nach Kattenturm und überschwemmte die Gebiete zwischen Weser und Ochtum.11 Dies wurde in den 1970er Jahren mit dem Bau des Ochtum-Sperrwerks an der Mündung in Seehausen /Lemwerder verhindert.
Es sind einige Hochwasser-Ereignisse und Gegenmaßnahmen in den Archiven verzeichnet:
1571 – Bruch der Ochtumdeiche infolge eines aus dem Ober- und Mittelweserraum kommenden Hochwassers.12
ab 1600: viele Überschwemmungen, da die Weserdeiche höher gebaut waren als der Ochtumdeich. Das Wasser kam dabei aus der Weser, entweder wegen einer Nordseeflut oder als Hochwasser der Oberweser.
1646: Erhöhung der Ochtumdeiche. Da aber mit den Deichbrüchen der Weser bei Thedinghausen auch immer die Ochtum voll lief und das Wasser über die Deiche schoss, beantragte man 1667 die Abtragung der Ochtumdeiche. Danach wurde der Deich hinter Woltmershausen zum Überlaufdeich gemacht.13
1685: 25. November: Hochwasser in Bremen-Nord wegen eines starken Nordwestwindes. „gleichfalls seyn die Ochumer Teiche auch überlofen und das Niederviehland viel Wasser davon bekommen“14
1717: Die sogenannte Weihnachtsflut war die schwerste Sturmflut des 18. Jahrhunderts. Die Wassermassen drückten in die Mündungen der Ochtum. Infolgedessen überschwemmten die Hochwasser der Ochtum die niedervieländischen Niederungsebenen mit den Dörfern Strom und Seehausen.15
3. Februar 1825: Schwere Sturmflut an der deutschen Nordseeküste. Gebiete der linken Weser- und Ochtumniederung von Altenesch bis Dreye wurden überschwemmt. "Ein Deichbruch bei Dreye und im Kirchspiel Stuhr hat Kladdingen, Stuhr und einen Teil von Moordeich überschwemmt." 16
März 1830 : Hochwasser u. Deichbrüche bei Horstedt, Mahndorf, Habenhausen und am Pfarrdeich Stuhr. Bei Dreye bricht der Weserdeich. Bei Hastedt ertrinken 10 Menschen. Hohe Überschwemmungen der linken Weser- und Ochtumniederung 17
21. Januar 1841: Hochwasser, Deichbruch bei Dreye, Ein Eisstau bei Vegesack verhindert das Abfließen der Weser und Ochtum. "Die Überschwemmung stieg noch höher als 1830, selbst die Pfarrwohnung stand einen halben Fuß (15 cm) unter Wasser. In Kladdingen stieg das Wasser bis an die Dächer der Häuser." (Pastor Hollmann 1841) 18
1. Januar 1855: Sturmflut: Die Flutwelle und aufgestautes Oberwasser der Weser drangen stark in die Ochtum ein. Wasserstand z. T. nur 22 cm weniger als 1841 19
1867: Das Hochwasser der Weser führt auch zum Hochwasser in der Ochtum. Die Deiche bei Hasenbühren liefen in ihrer ganzen Ausdehnung über. 20
1881: Bei einem schweren Hochwasser der Mittelweser bricht der Deich bei Hoya, so dass ein großer Teil des Hochwassers über die Ochtum abgeführt wird. Die gesamte Ochtum-Weserniederung von Hoya bis zur Ochtumsmündung wird überflutet. 21
Im März 1906 drückte eine schwere Sturmflut das Wasser in die Ochtum. Die Ochtum trat über die Ufer – von Hasbergen bis Stuhr. 22
1946 drückte erneut eine Sturmflut Wasser in die Ochtum, die insbesondere im Raum Kladdingen über die Ufer trat. Insgesamt wurde die gesamte Ochtumniederung bis zur Mündung überflutet. 23
Im Juli 1956 überflutet ein aus dem Mittelweserraum kommendes Hochwasser die Deiche bei Wienbergen und Oiste und führt zur Überflutung der Ochtumniederung.
1962 wird bei der Sturmflut vom 16/17. Februar auch das Niederungsgebiet der Ochtum vollständig überflutet und Bremen vom Stadtteil Bremen-Huchting getrennt. In Huchting kommen mehrere Menschen in den von Ausgebombten bewohnten Kleingartengebieten ums Leben. 24
1973: Im November und Dezember 1973 führen mehrere Sturmfluten zu schweren Schäden im Bereich zwischen Mündung und dem Bremer Ortsteil Huchting. Dabei kommt ein Mensch ums Leben.
1976: Im Januar richten zwei sehr schwere Sturmfluten schwere Schäden zwischen Huchting und Ochtummündung an. Bei der Sturmflut vom 3. Januar 1976 werden ähnlich hohe Wasserstände, wie bei der Februarsturmflut 1962 erreicht. 25
Überschwemmungsgebiete der Ochtum – nach dem Feststellungsverfahren 2015 durch die Untere Wasserbehörde des Landkreises Diepholz. 26 Die Kartenausschnitte zeigen die Ochtum an der Bremer Landesgrenze (oben), in der Leester Marsch (Mitte) und in der Kirchweyher Marsch – bis zum Kirchweyher See. Die Überschwemmungsgebiete legen den Bereich fest, die bei einem Hochwasser mit mittlerer Wahrscheinlichkeit gefährdet sind.